TTO bistår alle fem fakulteter på tværs af AU med udarbejdelse og forhandling af forskningsaftaler, samt aftaler i relation til behandling af personoplysninger i forbindelse med forskningen.
TTO arbejder ydermere med udvikling af universitetets relationer til erhvervslivet i forbindelse med kontraktindgåelse og håndtering af regler om persondata i forbindelse med forskningsprojekter, mv.