Nedenfor følger en kort beskrivelse af den økonomimodel, der benyttes på Aarhus BSS. Først følger dog en kort beskrivelse af budgetstyringen på AU som helhed.
AU betragtes udadtil som én samlet organisation, der skal præsentere ét samlet budget og regnskab, som det stilles ansvarlig for. AU’s indtægter og omkostninger forventes på årsplan at balancere, og som det er på nuværende tidspunkt, er det ikke muligt at overføre eventuelle over-/underskud imellem regnskabsår uden bestyrelsens godkendelse (med undtagelse af de eksterne midler). Af samme grund er det afgørende at forstå, at der ikke kan forbruges mere, end der er bevilliget, men også at et overskud reelt er udtryk for en dårlig økonomistyring. AU’s samlede budget og regnskab består dels af en række centrale administrationsomkostninger og dels af de forskellige fakulteter, så for at AU’s indtægter og omkostninger kan balancere, er det afgørende, at fakulteternes indtægter og omkostninger er i balance.
Udgangspunktet for økonomimodellen på Aarhus BSS er, at alle fakultetets indtægter (finanslovsmidler, eksterne midler og salgsindtægter) og omkostninger (løn, driftsomkostninger og husleje) allokeres til de institutter, der genererer dem. Institutlederne har således både det faglige og det økonomiske ansvar, og det er dennes ansvar, at indtægter og omkostninger er i balance. Hovedområdets bidrag til universitetets administration (AU Administration) viderefordeles ligeledes på institutterne, ligesom institutterne pålægges et bidrag (en ”skat”) til fællesaktiviteterne på Aarhus BSS for at få disse i balance, og på den måde balancerer samtlige delbudgetter på Aarhus BSS og derved det samlede fakultetsbudget. Af fællesaktiviteter på Aarhus BSS kan nævnes en ledelsespulje afsat til Dekanatet, som blandt andet bruges på strategiske initiativer på fakultetsniveau. Den grundlæggende tanke med økonomistyringsmodellen på Aarhus BSS er, at det skal være synligt for den enkelte institutleder, hvad instituttets aktiviteter genererer af indtægter og omkostninger. På samme måde som fakultetet skal præsentere et budget i balance, skal de enkelte institutter som udgangspunkt stræbe efter det samme. Det er imidlertid ikke et krav, at alle går i balance, da der kan være langsigtede strategiske mål, der taler for, at nogle institutter budgetterer med underskud, mens andre budgetterer med overskud.