Vicedirektøren for et givet procesområde er ansvarlig for at tilrettelægge et kontrolmiljø, der er i overensstemmelse med gældende regler, og som sikrer et acceptabelt risikobillede.
Der er etableret interne kontroller, hvoraf en del udføres i AU Økonomi, mens andre foretages i de respektive områder, som dataene vedrører.
I AU Økonomi anvendes systemunderstøttende kontroller af eksterne købsbilag, rejse- og udgiftsafregninger, intern handel og salgsfakturaer. Behandling af eksterne købsbilag finder sted i IndFak og er nærmere beskrevet i afsnittet Eksterne købsbilag, hvor funktionsadskillelse ligeledes er beskrevet. Legalitetskontrol af rejse- og udgiftsbilag i RejsUd er beskrevet i afsnittet Rejse- og udgiftsafregninger og kontrol af intern handel er beskrevet i afsnittet Intern handel. Kontrol af salgsfakturaer behandles i afsnittet Salgsfakturaer og godkendelse af indtægtsbilag. Både intern handel og salgsfakturaer behandles i Navision med tilhørende systemunderstøttet funktionsadskillelse.
Nogle kontroller findes i form af stikprøvekontroller som beskrevet i afsnit Kontrol. Der følges op på kontrollerne ved at medarbejderen, der har foretaget en kontrol, kvitterer for dette i et skema. Teamlederen følger op på dette og herefter revisionen.
AU har også funktionsadskillelse, der sikrer at samme medarbejder ikke både kan foretage kassekontrol, betalinger samt bogføring. Se afsnittet Betalingsforretninger. Desuden skal der være to personer til at godkende betalinger i banken.
Kontrol af løndata finder sted i HR, hvorefter Debitorgruppen tjekker at kontrollen har fundet sted.
AUs regnskabsinstruks ajourføres løbende og mindst en gang årligt af en medarbejder i Debitor. Regnskabsinstruksen godkendes af Vicedirektøren for AU Økonomi samt af AU’s Direktør. Regnskabsinstruksen uploades på hjemmesiden.
AU forholder sig til Revisionsbemærkninger i forbindelse med den løbende revision i efteråret og ved årsafslutning. De overordnede ansvarlige for opfølgning er Regnskabschefen samt de teamledere i Regnskab, som bemærkningerne vedrører. Bemærkningerne håndteres med det samme de er modtaget og løses hurtigst muligt derefter. Se afsnittene Aflæggelse af regnskab og Regnskabsmateriale.
Hvis en medarbejder i forbindelse med kontrol konstaterer en overskridelse, og dette ikke bliver korrigeret, vil dette blive eskaleret til Institutledelse. Mindre overskridelser medtaget på den kvartalsmæssige opgørelse af observationer, skal ligeledes sendes til Institutledelsen. Observationerne bliver på årlige møder drøftet med Institutsekretariatslederen.