Når en doktorafhandling er antaget til forsvar, aftaler forfatteren og formanden for bedømmelsesudvalget tidspunkt og sted for forsvarshandlingen. Formanden koordinerer med dekanen og de officielt beskikkede opponenter, som typisk er de to eksterne bedømmelsesudvalgsmedlemmer.
Senest 4 uger før forsvaret sender forfatteren 6 eksemplarer af den trykte doktorafhandling til fakultetssekretariatet, som sørger for afsendelse til de officielle opponenter og pligtaflevering til biblioteker. Fakultetssekretariatet sørger i samarbejde med Nat-Tech Kommunikation for annoncering af forsvaret, herunder hvor doktorafhandlingen kan erhverves forud for forsvaret.
Forsvarshandlingen er offentlig og ledes af institutlederen. Doktoranden har ret til at indlede forsvarshandlingen med en forelæsning på indtil ½ times varighed. Der gives i almindelighed hver af de officielle opponenter højst 1½ time. Snarest efter forsvarshandlingen afgiver de officielle opponenter en indberetning til Akademisk Råd på Nat eller Tech via fakultetssekretariatet om, hvorvidt forsvaret har været fyldestgørende. Hvis indberetningen er positiv, konfererer Akademisk Råd på Nat eller Tech derefter doktorgraden.