Økonomisekretariatet er en central og strategisk enhed i Økonomi, som sikrer AU’s økonomimodel, AU’s budget- og budgetopfølgning, de overordnede regler og politikker inden for økonomiområdet, ressourceallokering-og kostprismodel, projektledelse, drift og implementering af økonomisystemerne.
Økonomisekretariatet varetager opgaver omkring beslutningsstøtte, servicering og rådgivning af bestyrelsen, universitetsledelsen og Fællesadministrationen i økonomirelaterede spørgsmål på AU.