AU Forskning består af Forskningsstøtteenheden og Technology Transfer Office samt et sekretariat.
Sekretariatet understøtter vicedirektøren i dennes ledelse af området.
Forskningsstøtteenheden består af fire teams: Ansøgning, projektadministration, strategi og support. Der arbejdes inden for strategi, fundraising, bibliometri, projektadministration mv.
Technology Transfer Office består af tre teams: Kontrakter, Health Kontrakter samt Kommercialisering. Der arbejdes med udvikling af universitetets relationer til erhvervslivet i forbindelse med kontraktindgåelse, håndtering af regler om persondata i forbindelse med forskningsprojekter, kommercialisering af opfindelser og software, mv.