EU-missioner er indsatser, der fokuserer på at løse nogle af de største samfundsmæssige udfordringer, som vores verden står overfor. Det inkluderer områder som bekæmpelse af kræftsygdomme, tilpasning til klimaændringer, beskyttelse af havene og fremme af en bæredygtig produktion af sund mad. Der bliver etableret fem missioner inden for områderne:
Missionerne er forankret i forskning og innovation, men kommer også til at omfatte samarbejde på andre områder f.eks. borgerinddragelse og kontrakter med regioner og byer i Europa. Der forventes synergi imellem de fem missioner og prioriteringerne inden for de seks Clustre i Horizon Europe programmets søjle 2. Budgettet til missionerne er på max. 10 % af budgettet for søjle II, dvs. ca. 5 mia. euro (løbende priser)