Visse forskere fra udlandet kan i henhold til dobbeltbeskatningsoverenskomster få skattefritagelse, hvilket kan være en fordel frem for forskerskatteordningen.
Når en forsker får skattefritagelse, skal der heller ikke betales arbejdsmarkedsbidrag. ATP derimod skal betales.
I visse tilfælde kan et alternativ til forskerskatteordningen være beskatning efter de almindelige regler med ret til fradrag i lønindkomsten og ret til personfradrag.