Retten til at være på forskerskatteordningen mistes, hvis Danmark ikke har beskatningsretten.
Medarbejderen udtræder af forskerskatteordningen, hvis medarbejderen udfører arbejdet i udlandet, og beskatningsretten overgår til et andet land. F.eks. udtræder medarbejderen af ordningen, hvis vedkommende opholder sig i udlandet i en længere periode, som i de fleste dobbeltbeskatningsoverenskomster udgør mere end 183 dage inden for en 12 måneders periode.
Det er en betingelse for anvendelse af forskerskatteordningen:
Det er ikke en betingelse, at skattepligten til Danmark indtræder i forbindelse med påbegyndelse af ansættelsesforholdet. Hvis f.eks. en indisk forsker ansættes på universitetet, men i de første 2 måneder af ansættelsen udfører arbejde for AU i Indien for først senere at få bopæl i Danmark, vil vedkommende kunne anvende forskerskatteordningen.
Betingelserne for anvendelse af forskerskatteordningen skal være opfyldt i hele perioden. Er betingelserne ikke længere opfyldt, kan forskerskatteordningen ikke længere anvendes.
Ved udlandsophold forbliver forskeren omfattet af forskerskatteordningen og betaler forskerbeskatning.
Hvis forskeren er ansat med tjenestested i Danmark, men bosiddende i udlandet, er det en forudsætning for fastholdelsen af skattepligten, og dermed muligheden for at forblive på forskerskatteordningen, at forskeren arbejder i Danmark mindst en dag om måneden.
I stedet for at være løbende på forskerskatteordningen kan man vælge at søge om forskerbeskatning udelukkende for de (korte) perioder, forskeren opholder sig i Danmark. Dermed er der mulighed for at være på forskerskatteordningen i mange år, da kun de enkelte perioder tæller med i den maksimale 7 års periode. Der er så ikke noget krav om, at forskeren skal komme til Danmark mindst 1 dag om måneden, da det ikke er nødvendigt at opretholde en begrænset skattepligt til Danmark under ophold i udlandet.
Hvis forskeren ophører med en ansættelse under den særlige forskerskatteordning, kan forskeren fortsætte i en ny ansættelse under forskerskatteordningen, hvis forskeren tiltræder den nye ansættelse senest 1 måned efter ophør af den tidligere ansættelse. De øvrige betingelser for at anvende ordningen skal være opfyldt, men forskeren behøver ikke at fraflytte Danmark i den mellemliggende periode.
Begrebet ”gæsteundervisere og lignende” (kildeskattelovens § 48 E stk. 5) skal forstås bredt. Egentlig forskning er således omfattet.
En forsker med kort ophold/ansættelse som gæsteforsker/gæsteunderviser med begrænset skattepligt med umiddelbart efterfølgende ansættelse ved AU kan komme under forskerskatteordningen uden at skattepligt til Danmark skal indtræde på ny ved påbegyndelsen af den efterfølgende ansættelse.
Gæsteforskere/gæsteundervisere med ophold ved AU ud over 6 måneder uden løn mv. fra AU (ikke ansat ved AU) med løn fra hjemuniversitetet kan ligeledes komme på forskerskatteordningen i forbindelse med en ansættelse i umiddelbar tilknytning til opholdet, uden at skattepligt til Danmark skal indtræde på ny ved ansættelsens påbegyndelse.
I ovennævnte situationer vedrørende gæsteforskere/gæsteundervisere accepteres det, at der kan gå op til 1 måned før den efterfølgende ansættelse påbegyndes.
Udenlandske ”gæste ph.d.-studerende” på ophold ved AU (ikke ansat ved AU) finansieret udelukkende af udenlandske midler kan i forbindelse med en efterfølgende forskeransættelse ikke benytte forskerskatteordningen, såfremt de under opholdet har taget bopæl i Danmark eller har opholdt sig i Danmark i mere end 6 måneder.
En medflyttende ægtefælle, der efter at have fået bopæl i Danmark, får ansættelse som forsker kan ikke benytte forskerskatteordningen, såfremt ansættelsen påbegyndes senere end 1 måned efter, at vedkommende blev bosat i Danmark.
Perioder med barsels- og forældreorlov under ansættelsen medregnes i de 84 måneder, hvor forskeren har forskerbeskatning, fordi vedkommende fortsat er ansat ved universitetet i orlovsperioden. Løn under barsel beskattes efter forskerskatteordningen, hvorimod udbetaling af dagpenge beskattes som almindelig indkomst.
For nærmere oplysninger omkring barsels- og forældreorlov i forbindelse med forskerskatteordningen se dokumentet herom.
Hvis forskeren ophører med en ansættelse under den særlige forskerskatteordning, kan forskeren fortsætte i en ny ansættelse under forskerskatteordningen, hvis forskeren tiltræder den nye ansættelse senest 1 måned efter ophør af den tidligere ansættelse. De øvrige betingelser for at anvende ordningen skal være opfyldt, men forskeren behøver ikke at fraflytte Danmark i den mellemliggende periode. Se endvidere ovenfor om gæsteforskere/gæsteundervisere.
En forsker ved AU, der er på forskerskatteordningen, men som har en periode på flere måneder uden ansættelse ved AU, kan ikke ved en efterfølgende ansættelse komme på forskerskatteordningen, hvis vedkommende i perioden uden ansættelse ved AU har bevaret sin bopæl i Danmark. Ved at bevare bopælen er forskeren forblevet skattepligtig til Danmark. Havde forskeren ved ophør af første ansættelse opgivet bopælen i Danmark, ophørte skattepligten til Danmark, og vedkommende ville under den efterfølgende ansættelse kunne benytte forskerskatteordningen (forudsat øvrige betingelser er opfyldt). Det er derfor vigtigt, at forskeren ved ophør af ansættelsen framelder sig på folkeregisteret.
Når udenlandske forskere indgår aftale om ansættelse ved AU for flere perioder fordelt over flere år, skal der ansøges om beskatning efter forskerreglen for hver enkelt ansættelsesperiode.