Hvem eller hvilken instans, der skal løse hvilke opgaver på universitetet, er fastlagt i universitetsloven og i vedtægterne for Aarhus Universitet.

Universitets- og Bygningsstyrelsen skriver i deres publikation om studerendes retssikkerhed (se Fra Styrelsen på siden Regler på uddannelsesområdet) følgende:

Rektor har den overordnede beslutningskompetence på universitetet. Rektor kan dog delegere sin kompetence til de underordnede ledere, herunder dekaner. Det betyder, at de underordnede ledere kan træffe afgørelser på rektors vegne. I praksis vil det oftest være administrative medarbejdere på universitetet, der foretager sagsbehandlingen på den nærmeste leders vegne.

Visse beslutningskompetencer er dog overladt til faglige kollegiale organer på universitetet, f.eks. akademisk råd, studienævn og ph.d.-udvalg. Det følger af universitetsloven, at det er studienævn og ph.d.-udvalg, der træffer afgørelse om f.eks. merit, herunder forhåndsmerit, og dispensationer. Den faglige afgørelse i sager om merit kan indbringes for et meritankenævn.

I eksamensbekendtgørelsen er der fastsat et særligt system for behandlingen af eksamensklager. Hvis klagen vedrører bedømmelsen eller øvrige forhold, der vedrører bedømmerne, forelægger universitetet klagen for bedømmerne, inden der træffes afgørelse. Universitetets afgørelse af faglige spørgsmål ved klager over eksaminationsgrundlaget, prøveforløbet og bedømmelsen kan efterfølgende indbringes for et ankenævn.

Det er et grundlæggende princip i universitetsloven, at universiteterne har fagligt selvstyre. Det betyder, at faglige afgørelser truffet af fagkyndige personer på universitetet ikke kan omgøres af instanser uden for universitetet. Dog vil en faglig afgørelse, der er baseret på ulovlige hensyn, altid kunne tilsidesættes. Det kan f.eks. være tilfældet, hvis den faglige afgørelse er i strid med lighedsgrundsætningen.